La ciudad de Lincoln lleva el nombre del asesinado presidente de Estados Unidos, como un homenaje a su figura. El partido de Lincoln se fundó el 19 de julio de 1865 pocos meses después del trágico suceso.
La ampliación y consolidación de las fronteras establecidas para prevenir el ataque de los malones hacia necesaria la fundación de nuevos poblados. De esta forma también se ampliaba la superficie controlada de la provincia de Buenos Aires.
Su primer intendente fué Andrés Sein. En enero de 1908, Lincoln fue declarado ciudad.